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试管婴儿穿刺取卵手术最常用的取卵方式是在的局部麻醉下，经阴道B超引导下，将取卵针穿过阴道穹窿，直达卵巢，穿刺卵巢内的卵泡，负压吸出卵泡液以及其中的卵子。绿色的这个是阴道超声，而它左边的这个才是真正的穿刺针。穿刺针从阴道壁上刺穿一个洞（阴道和子宫颈位置可没有天生长一个洞让它穿过去），一直伸到卵巢，再刺进卵巢，进去吸取卵子。取卵疼不疼一些生殖中心会选择全麻取卵，而有的是不打麻药的，所以如果真的很害怕，可以选择打麻药。
基本上二十分钟左右就可以完成取卵的操作。如果您卵泡数较多、卵子位置偏深或您平时比较怕痛，一般夜针日医生已安排您于全麻下取卵。
三查七对后，麻醉医生会在您手臂留置针里推进少许药物，很快您会感觉头晕然后舒服的睡一觉，等您醒来取卵已经结束，全程没有一点痛觉。如果您卵泡数少、卵巢位置较好，选择不打麻醉，也不用害怕，细细的取卵针进阴道时只是像平时打屁股针一般。此时您只需要深呼吸、尽量放松，屁股、身体不要随便动即可，一起配合，大概二十分钟就结束了。
手术结束后可能会有一点出血，这是正常的，医生为您做止血。护士会带您下床，走到休息室休息。刚下床的时候，可能会有点头晕，您要小心，最好在护士的搀扶下，确定您站起来不会头晕时才行走。
体外受精技术科学家近又发现了一项新的胚胎筛选技术。简单的来说，就是追踪拍摄胚胎成长的前48小时，然后挑选出有可能健康生长的一个。这项技术或可大幅提高试管婴儿手术的成功率。来自美国加利福尼亚州斯坦福大学的学者们，利用延时摄影观察卵子受精后初几个细胞分裂所需的时间，并依此预测胚胎能否存活至第六天。该种预测方法的准确率超过90%。
在这项研究中，研究人员们使用一种特制的延时数码显微镜来获取胚胎培育中三个重要成长阶段的影像。当他们完成对胚胎48小时的监测后，他们有93%的把握来预测胚胎能否健康成长。这项技术可以提高一倍试管婴儿手术的成功率，并可以减少堕胎分娩的需要。
在之前的试管婴儿手术中，医生通常在胚胎发育的第三天到第五天来筛选他们认为有生命力的胚胎。遗憾的是，有时胚胎移植后并没有幸存，尤其是那些生长三天就筛选出来的胚胎。
“我们可以使不孕不育夫妇的怀孕率提高一倍。”曾在斯坦福大学任职，现在一家生物技术公司任职的凯文·洛伊先生这样说。
美国加州生殖医学中心（CCRH）莫尔院长认为：“直到现在，我们对体外受精技术基础科学的发展仍知之甚少。在了解这些基础科学发展之余，我们希望体外受精技术的发展也能更上一层楼，包括提高胚胎选择的成功率，降低流产几率等。”
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